余英時著作良多，著有中、英著作59本，論文400余篇。余英時最著名的著作《歷史與思想》自1976年出版以來（台北：聯經出版）已經34刷，是史學著作中罕見的暢銷書。
[24]盡管其思想與中華人民共和國政府觀點相抵觸，但他的著作2004年後曾在中國大陸大量出版
[25]。2014年，《蘋果日報》報導稱
國家新聞出版廣電總局下達通知，要求將余英時的著作全部下架，並稱有關部門把出余英時作品的多家出版社領導召到北京“訓話”
[26]。10月15日，《
環球時報》報道稱多家書店店員表示書店並沒有接到下架的通知
[27]。
- 《近代文明的新趨勢》，香港：自由出版社，1953。
- 《民主制度的發展》，香港：亞洲出版社，1954。
（以上二書合刊為《西方民主制度與近代文明》，台中：漢新出版社，1984。）
- 《民主革命論》，香港：自由出版社，1954；台北：九思出版社重印本，1979。
- 《到思維之路》，香港：高原出版社，1954；台中：漢新出版社重印本，1984。
- 《論戴震與章學誠：清代中期學術思想史研究》，香港：龍門書店，1976。
- 《歷史與思想》，台北：聯經出版，1976。ISBN 9789570843798
- 《紅樓夢的兩個世界》，台北：聯經出版事業公司，1978。
- 《中國知識階層史論：古代篇》，台北：聯經出版事業公司，1980。
- 《史學與傳統》，台北：時報文化出版公司，1982。
- 《中國近代思想史上的胡適》，台北：聯經出版事業公司，1984。
- 《方以智晩節考》，台灣：允晨文化，1986。
- 《中國近世宗教倫理與商人精神》，台北：聯經出版事業公司，1987。
- 《中國思想傳統的現代詮釋》，台北：聯經出版事業公司，1987。
- 《士與中國文化》，上海：上海人民出版社，1987。
- 《猶記風吹水上鱗——錢穆與現代中國學術》，台北：三民書局，1991。[28]
- 《中國歷史轉型時期的知識分子》，台北：聯經出版事業公司，1992。ISBN 9789570808391
- 《民主與兩岸動向》，台北：三民書局，1993。
- 《歷史人物與文化危機》，台北：東大圖書公司，1995。
- 《現代儒學論》，美國新澤西：八方文化企業公司，1996；上海：上海人民出版社1998年本，有增訂。
- 《中國知識分子論》（康正果編），河南人民出版社，1997。
- 《陳寅恪晚年詩文釋證》，台北：東大圖書公司，1998。
- 《五四新論》台北：聯經出版事業公司，1999。ISBN 9789570819557
- 《論士衡史》（傅傑編），上海：文藝出版社，1999。
- 《朱熹的歷史世界——宋代士大夫政治文化的研究》，台北：允晨文化，2003，共上下兩冊。
- 《重尋胡適歷程》台北：聯經出版事業公司，2004。ISBN：9789570827088。
- 《宋明理學與政治文化》，台北：允晨文化，2004。
- 《未盡的才情：從顧頡剛日記看顧頡剛的內心世界》，台北：聯經出版事業公司，2007。
- 《知識人與中國文化的價值》，台北：時報文化出版公司，2007。
- 《會友集—余英時序文集》，香港：明報出版社，2008。
- 《十字路口的中國史學》，台北：聯經出版事業公司，2008。
- 《東漢生死觀》，台北：聯經出版事業公司，2008。
- 《漢代貿易與擴張：漢胡經濟關系的研究》，台北：聯經出版事業公司，2008。
- 《人文與理性的中國》，台北：聯經出版事業公司，2008；上海，上海古籍出版社，2007。
- 《中國文化史通釋》，香港：牛津大學出版社，2010。
- 《人文與民主》，台北：時報文化出版公司，2010。
- 《情懷中國—余英時自選集》，香港：天地圖書，2010。
- 《論天人之際：中國古代思想起源試探》，台北：聯經出版事業公司，2014。
- 《中國與民主》，香港：天窗出版公司，2015。
- 《余英時回憶錄》，台灣：允晨文化，2018.11。ISBN 9789869677738
- 第一卷：《史學、史家與時代》
- 第二卷：《中國思想傳統及其現代變遷》
- 第三卷：《儒家倫理與商人精神》
- 第四卷：《中國知識人之史的考察》
- 第五卷：《現代學人與學術》
- 第六卷：《民主制度與近代文明》
- 第七卷：《文化評論與中國情懷（上）》
- 第八卷：《文化評論與中國情懷（下）》
- 第九卷：《歷史人物考辨》
- 第十卷：《宋明理學與政治文化》
2014年再版，增加了兩卷：
- 第十一卷：《論學會友》
- 第十二卷：《國學與中國人文》
- 《朱熹的歷史世界 : 宋代士大夫政治文化的研究》（上、下），2004。
- 《方以智晚節考》，2004。
- 《文史傳統與文化重建》，2004。
- 《現代儒學的回顧與展望》，2004。
- 《現代危機與思想人物》，2005。
- 《論戴震與章學誠：清代中期學術思想史研究》，2005。
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