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【轉】新冠病毒的神秘來源 (發表於4年前)

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四季豆
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四季豆
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文章 時間: 2020-2-20 10:58 引用回復
隨著新冠肺炎對全球的威脅與日俱增,越來越多的各國專家也對新冠病毒(2019-nCoV或SARS-CoV-2)的來源投下更多關注的目光。本文從流行病學調查、病毒基因比對、跨物種感染研究以及關鍵的“中間宿主”等領域,對新冠病毒來源進行了全景式梳理與深度挖掘,為讀者提供一個深刻而全新的視角。

一、華南海鮮市場:備受爭議的“疫源地”
二、病毒學證據:武漢新冠病毒2019-nCoV的基因異樣之處
三、石正麗:疑雲籠罩的冠狀病毒跨物種感染研究
四、穿山甲之謎:突如其來的“中間宿主”

自從武漢爆發新冠肺炎迄今,已經過去了兩個月,但科學界對這個神秘的新冠狀病毒“2019-nCoV”(也叫SARS-CoV-2,本文簡稱新冠病毒)的認識依然十分有限。此次疫情爆發的源頭是華南海鮮市場嗎?當局稱新冠病毒來自原始宿主蝙蝠,華南農業大學幾位學者甚至聲稱他們找到了中間宿主穿山甲。但科學界對病毒基因序列的研究以及大量科學文獻的比對查證,均顯示這個病毒的來源並非如此簡單。

一、華南海鮮市場:備受爭議的“疫源地”

這場來勢凶猛的大疫第一次闖入公眾視野,是網絡流傳的一份武漢市衛健委內部通知,這份通知明確寫道:“我市華南海鮮市場陸續出現不明原因肺炎病人”,並要求各醫療單位統計類似的不明原因肺炎病例上報衛健委醫政醫管處。
華南海鮮市場位於湖北武漢市江漢區,是一個包含了豬肉供應以及各種海鮮凍品、冰鮮、幹貨及調味品在內的大型綜合市場,也包括販賣一些野味。

當“不明肺炎”陡然出現在大眾面前的時候,“野味”這個詞無疑迅速成為最受關注的焦點。畢竟,十七年前的“薩斯”瘟疫大爆發,就一直被官方認定為是廣東人吃野味“果子狸”而惹出的大禍。

2019年12月31日,武漢市衛健委首次公開發布通報稱,近期部分醫療機構發現接診的多例肺炎病例與華南海鮮市場有關聯。2020年1月1日,華南海鮮市場貼出休市公告,隨後進行了徹底的環境衛生整治——知名香港薩斯專家管軼後來痛斥,這個舉措等於摧毀了“犯罪現場”。

此後,武漢方面多次強調,多數******病例有華南海鮮市場暴露史或接觸史。中國疾控中心病毒病所也分別於1月1日、12日兩次在該市場取樣共585份,並轉運至實驗室進行檢測。

1月22日,國家疾控中心主任高福在國務院新聞辦公室發布會上表示,武漢新型冠狀病毒的來源是武漢一個海鮮市場非法銷售的野生動物。

1月26日,中國疾控中心病毒病所稱,該所首次從華南海鮮市場的585份環境樣本中,檢測到33份樣品含有新型冠狀病毒核酸,並成功在陽性環境標本中分離病毒,提示該病毒來源於華南海鮮市場銷售的野生動物。

至此,華南海鮮市場是疫源地的說法成為官方定論。

然而,令人始料未及的是,僅僅一天之後,《科學》雜志於27日在線發表的一篇報導就對官方這一結論提出重大挑戰。

該報導引述了世界頂級醫學雜志《柳葉刀》的一篇論文,質疑武漢新型冠狀病毒肺炎的疫源地可能並非華南海鮮市場。

這篇論文題為“新型冠狀病毒感染患者的臨床特點”,1月24日在《柳葉刀》上發表。論文第一作者是武漢市首家不明肺炎指定收治醫院金銀潭醫院的副院長黃朝林,其余作者包括了該院其他臨床醫生以及多家研究機構的成員。

這篇論文透露出以下關鍵信息:

# 第一例病人發病時間是12月1日,與海鮮市場無關聯;
# 第一例病人與後續病人未發現流行病關聯;
# 12月10日,又有3例病例發病,其中2例與華南海鮮市場無關聯;
# 12月15日開始,有海鮮市場暴露史的病例集中出現;
# 論文統計總共41例病人,有14例證實與海鮮市場無關聯,比例超過1/3。
# 海鮮市場沒有人賣蝙蝠,也未發現蝙蝠的蹤跡。

《柳葉刀》論文對41例確診病例與海鮮市場的關系的分析

不僅如此,1月29日《柳葉刀》再發論文分析了金銀潭醫院99例確診病例,其中有50例無海鮮市場接觸史;而新英格蘭雜志也有論文顯示:22日前確診的全部425個病例中,1月1日前發病者有45%無海鮮市場接觸史。

而對比當局的通報可以看到,二者有明顯差異。當局通報的相應信息如下:

# 第一例病人發病時間是12月8日,與海鮮市場有關聯;
# 官方認定華南海鮮市場就是疫源地,未提首例病人無海鮮市場接觸史及上述1/3病例無海鮮市場暴露史的數據。
# 武漢病毒所石正麗等人於1月23日發表論文,指從雲南馬蹄蝠身上發現新冠狀病毒,與武漢新冠病毒同源性達96.2%,病毒源自蝙蝠就此成為大眾共識。

《柳葉刀》論文與當局通告內容對比圖

美國喬治敦大學(University of Georgetown)傳染病學家丹尼爾‧魯西(Daniel Lucey)針對《柳葉刀》的論文表示,如果該論文的數據是准確的,那麼第一個病例應該在2019年11月就已被病毒感染,因為在感染之後和與出現症狀之前有一個潛伏期。此前有專家表示,新型冠狀病毒的潛伏期在10~14天左右。

很明顯,這意味著在12月15日開始集中出現有華南海鮮市場暴露史的病例之前,病毒就已經在武漢的某些地方和某些人之間悄無聲息地傳播。魯西坦率地指出:“當局肯定已經意識到這種流行病並非源自武漢華南海鮮市場。”

《柳葉刀》論文的通訊作者之一、北京首都醫科大學教授曹彬回復美國科學新聞網站ScienceInsider時也表示:“目前比較明確的是,(華南)海鮮市場應該不是新型冠狀病毒2019-nCoV的唯一發源地。”;“但老實說,我們現在仍然不知道病毒究竟從哪裡來。”(”Now It seems clear that [the] seafood market is not the only origin of the virus”, he wrote in an e-mail to ScienceInsider, “But to be honest, we still do not know where the virus came from now.”)

值得注意的是,柳葉刀的兩篇論文和新英格蘭醫學雜志論文的作者都是中國的醫生和醫學專家。而與此相左的則是,專家組的做法顯示,他們似乎有意無意在忽視這一極其重要的信息。

國家衛健委第一個專家組早在2019年12月31日就已到達武漢。據財新網對武漢大學中南醫院重症醫學科主任彭志勇的采訪證實,這個專家組到武漢金銀潭醫院調查後即制定了一套診斷標准:要有華南海鮮市場接觸史;要有發燒症狀;全基因組測序。三條標准都達到才能確診,缺一不可。

第一批國家級專家組制定的確診三指標

彭志勇說,這個標准直到鍾南山等第二批專家組18日到達武漢後才修改。

這就產生出一個難以解釋的問題:第一批專家組對《柳葉刀》調查的這41例病例的詳細情況,應該是了解的。因為武漢衛健委官方通報中,從1月10日到1月17日,確診41例這個數字一直沒有發生任何變化。

為什麼專家組在明知至少1/3的病例與海鮮市場無關聯的情況下,要硬性規定確診標准中必須有“海鮮市場接觸史”這一條?

稍有傳染病醫學常識的人都知道,查清真正的傳染病源,是防控傳染病的三大關鍵之一。既然有非常明確的流行病學證據和最早參與調查疫情的同行專家的判斷都顯示華南海鮮市場並非病毒疫源地,為何專家組要強行“規定”要有海鮮市場接觸史?

二、病毒學證據:武漢新冠病毒2019-nCoV的基因異樣之處

【E蛋白】

1月10日是一個重要的日子,在這一天,中國正式向全世界公開了武漢新冠病毒2019-nCoV(以下簡稱武漢病毒)的全基因序列。全世界最頂尖的病毒學專家立即對這個神秘的病毒開展深入研究,並開始陸續發表各自對新冠病毒的研究報告。

在通過對武漢新冠病毒基因進行整體分析後,希臘一個專家團隊於2020年1月27日發布報告說,他們研究分析了武漢病毒的遺傳關系,發現“新型冠狀病毒的基因,大約五成與sarbecvirus亞屬中的其它病毒沒有密切的遺傳關系”,並且該病毒具有其它任何冠狀病毒都不具有的特殊中間區段,而這段基因恰好就是幫助病毒入侵宿主細胞的關鍵。

這些研究發現表明:武漢病毒是一種新型的冠狀病毒,且推翻了作者原來認為的新冠病毒起源於不同冠狀病毒之間的隨機自然突變的假設。換言之,作者認為武漢病毒並非靠自然演變而來。

希臘專家的發現並非孤例。早在1月7日,中國疾控中心研究院張永振院士和復旦大學公共衛生學院就聯名向《自然》雜志提交了論文[4],並於2月3日發表。該論文明確提出,武漢病毒與兩種舟山蝙蝠病毒樣本CoVZC45和CoVZXC21存在最為密切的親緣關系。其中,武漢病毒與CoVZC45病毒的核苷酸序列同一性為89.1%,甚至在nsp7和包膜蛋白(E蛋白)方面表現出100%的氨基酸相似性。

張永振等人向《自然》雜志提交的論文顯示,武漢新冠病毒和舟山蝙蝠CoVZC45病毒E蛋白相似度高達100%。(《自然》論文截圖)

很快,有專家利用美國國立衛生研究院(NIH)生物科技信息中心(NCBI)的比對工具BLAST,對當局12日第三次提交的基因組序列進行基因比對,證實了張永振的發現。

粉紅高亮區的信息顯示,武漢海鮮市場病毒樣本與編號為“AVP78033.1”的病毒樣本比對,其E蛋白相似度高達100%。(G-NEWS)

中國疾病中心專家陸柔劍的團隊也於1月30日在《柳葉刀》上發表論文指出,武漢新冠病毒和此前在中國浙江舟山蝙蝠身上發現的一種冠狀病毒整體相似度非常高,達88%。

舟山蝙蝠身上攜帶的這種冠狀病毒,其最早發現者是南京軍區軍事醫學研究所的專家。該所於2018年發表英文論文,宣布在舟山蝙蝠身上發現一種新型冠狀病毒——舟山蝙蝠類SARS冠狀病毒,為方便理解,本文簡稱其為“舟山病毒”

綠色高亮區顯示,編號為“AVP78033.1”的病毒即“舟山病毒”。(G-NEWS)

微生物學博士、美國前Walter Reed陸軍研究所病毒系實驗室主任肖恩‧林(Sean Lin)認為,武漢病毒和舟山病毒的E蛋白氨基酸序列達到100%一致,是一件極其不尋常的事情。因為E蛋白對於β型冠狀病毒的病毒形態、組裝、出芽以及病毒致病性都有不可或缺的作用。如果病毒更換了宿主,很多細胞因子都會變化, E蛋白也必然有相應的變化來調整病毒的合成和致病性。

他進一步指出:E蛋白的基因和S蛋白的基因位置鄰近,在病毒RNA的復制過程中,這兩個基因也都是要經過一個產生亞基因組RNA (subgenomic RNA)來完成復制的,也牽扯類似的細胞內因子和病毒RNA聚合酶,所以這個過程中產生基因復制的錯誤率也都是相近的。所以,沒有理由在自然的病毒復制過程中,S蛋白有著各種突變,而E蛋白在整個宿主都變換掉的情況下保持完全相似。這基本上是不可能自然發生的。

北京大學傳染病學博士、瑞士生物技術公司SunRegen Healthcare AG首席科學官董宇紅女士指出,根據陸柔劍在《柳葉刀》上發表的論文,冠狀病毒科內與武漢病毒最近的幾種冠狀病毒,在其它蛋白(S、M、N等)的氨基酸序列上都不可能達到像E蛋白這樣的100%完全一致,一致度為73.2%~98.6%。那麼,這個E蛋白為什麼在武漢病毒中與所謂“祖先”的蝙蝠病毒保持如此大的一致性,值得深入探究(Lu et al 2020 Lancet)。

她表示,與S、M或N蛋白相比,雖然E蛋白是武漢病毒主要的結構蛋白質中的最小的一個蛋白,可是它的功能並不能小看。武漢病毒在人體復制周期中,E蛋白在受感染的人體細胞內大量表達,大部分E蛋白被定位在人體細胞內轉運的關鍵位點,如內質網、高爾基器等,參與冠狀病毒的組裝和出芽。缺乏E蛋白的重組,冠狀病毒展示病毒滴度顯著降低,病毒成熟度降低或繁殖能力不強,表明E蛋白在與宿主細胞之間起到的重要相互作用,尤其是在病毒繁殖、成熟、傳播能力方面的重要性,也應該是決定病毒在人種中的傳播力的一個重要功能蛋白。

簡而言之,武漢病毒和舟山病毒表現出來有關E蛋白的這種完美一致性,用“自然變異”難以解釋。

【S蛋白】

更蹊蹺的是,武漢病毒身上的費解之謎,還不止這一個。

2020年1月21日,中國科學院上海巴斯德研究所分子病毒與免疫重點實驗室研究人員在《中國科學 生命科學》(SCIENCE CHINA Life Sciences)上發表的一篇論文提到一個重要現象:武漢病毒的S蛋白一個關鍵部分的序列,和薩斯病毒具有高度同源性。

S蛋白是什麼?就是已經廣為人們熟悉的冠狀病毒圖片中,病毒表面那些一個一個的“小蘑菇”。這個S蛋白(也稱刺突蛋白、棘突蛋白)是冠狀病毒能夠入侵人體細胞的最重要工具。

SARS病毒結構圖

巴斯德研究所的專家們發現,薩斯病毒的S蛋白中第442、472、479、487和491位的殘基位於受體復合物界面,並且被認為是薩斯病毒跨物種及人際傳播至關重要的位點。

令人驚訝的是,武漢病毒的S蛋白中有442、472、479和487位這4個位點的殘基與薩斯病毒不同,但這種差異卻並沒影響到S蛋白的結構構像。就是說,武漢病毒的S蛋白依然保持著和薩斯病毒S蛋白一樣的結構,依然可以像薩斯那樣,在RBD結構域中共享幾乎相同的3-D結構,並借此與人體細胞中的ACE2受體結合從而輕松入侵人體。

這是可以用精准來描述的基因變異,就像一把鑰匙上有5個卡齒,其中4個齒的材質發生了改變,但鑰匙的整體形狀卻完美保持,鑰匙依然可以打開通往人體的閥門。

新冠病毒S蛋白4個位點殘基的異常現象示意圖

美國哈佛大學資深流行病專家費格丁(Eric Feigl-Ding)博士也注意到這個異常現象,他於1月28日在推特上發文,引述希臘學者研究的最新發現指出:該病毒不是由冠狀病毒經過近期隨機結合而產生的,有些部分與所有冠狀病毒都“不協調”。其基因組的序列中段是以往冠狀病毒中從未見過的,可“編碼”侵入宿主細胞的刺突蛋白(S蛋白)。

【分子進化鍾&最近共同祖先】

分子進化鍾是一種通過基因突變速率來估算物種進化速率的技術,遠的可以追溯長達千百萬年的進化,短的可以追尋當前傳染病病原體的來源。

中國疾控中心病毒預防所的陸柔劍(Roujian Lu)2020年1月30日在《柳葉刀》期刊上發表論文,發現這次新冠肺炎來自不同患者的2019-nCoV序列幾乎相同,序列同源性(sequence identity)超過99.9%。這一發現表明,2019-nCoV是在很短時間內自一個起源地產生,而且相對較快地被檢測到。

世界著名的斯克裡普斯研究所(The Scripps Research Institute)的分子生物學家克裡斯蒂安‧安德森(Kristian Andersen)也發表題為 “基於27個基因分析的生物鍾和最近共同祖先時間”的文章,分析了中國公開發表的27個武漢病毒完整基因,發現來自武漢、泰國、深圳等地的24個樣本的基因組非常一致,“顯示出非常有限的遺傳變異”,“表明所有這些病毒株都具有相對較新的共同祖先。”

安德森認為,病毒是單一來源進入人類,然後是持續地人傳人。這可以是單個動物或一小群最近被感染的動物感染給單一個人或一小群人。所有分析的案例都是人傳人,沒有動物傳人的。

他根據分子進化鍾算出來最先從人開始廣傳的時間,中間值是12月2日,最早可以是10月1日,這與後來中共官方公布第一個就診病例的12月1日相當吻合。雖然這兩篇論文都沒有猜測病毒的起源,但顯然排除了多個動物來源的可能性。

三、石正麗:疑雲籠罩的冠狀病毒跨物種感染研究

一個顯著的事實是,蝙蝠攜帶的冠狀病毒無法直接感染人體,更不是可以擁有人傳人能力的病毒。但隨著輿論對武漢病毒“被人工幹預”的質疑聲越來越大,武漢病毒所及該所的知名病毒專家石正麗開始步入大眾視野。

2003年薩斯疫情爆發後,石正麗曾帶領團隊在全國各地采集蝙蝠樣本做病毒檢測,並於2013年將成果發表於《自然》雜志上。2017年,石正麗團隊確定SARS病毒是經過幾個蝙蝠SARS樣冠狀病毒重組而來,一度引發普遍關注。

由於長期從事對蝙蝠及SARS病毒的研究,石正麗無疑已經成為冠狀病毒研究領域的權威,而且其本人更專注於冠狀病毒跨物種感染領域。

耐人尋味的是,石正麗對冠狀病毒S蛋白——這個跨物種感染人體的“通行證”——的研究,早在2010年就已經開始。石正麗團隊對尋找冠狀病毒如何跨越物種障礙發生傳播,進行了長期、系統且深入的研究。

2010年,石正麗團隊發表論文,用活SARS病毒和HIV(艾滋)偽病毒檢查不同種類蝙蝠ACE2對人類SARS-CoV刺突蛋白(S蛋白)的敏感性。實驗中他們還改變蝙蝠ACE2的幾個關鍵氨基酸,來測試其對S蛋白的結合性,並構建帶有SARS病毒BJ01-S蛋白的HIV偽病毒HIV/BJ01-S。這顯示石正麗團隊已經意識到S蛋白與ACE2受體之間的特殊關系。

冠狀病毒通過S蛋白感染人體細胞示意圖

2013年10月30日,石正麗團隊發布了冠狀病毒研究的“新突破”。《自然》雜志刊發其題為“使用ACE2受體的蝙蝠SARS樣冠狀病毒的分離和鑒定”論文,包括葛行義、石正麗、達薩克等專家在內的研究團隊,發布了從雲南菊頭蝠(馬蹄蝠)身上分離出的新型冠狀病毒RsSHC014和Rs3367的全基因組序列。石正麗負責提供了SHC014冠狀病毒S蛋白序列以及質粒,這是她一直以來最擅長的領域。

在這次的研究成果中,石正麗團隊還從蝙蝠糞便樣本中分離出了第三種新型蝙蝠冠狀病毒的活體——SARS樣冠狀病毒WIV1,其與Rs3367病毒的序列同源性為99.9%。該病毒的S蛋白可以通過受體結合點(RBD)結合人類受體ACE2,並有效地將SARS病毒直接傳染給人,不需要果子狸等中間宿主。

這毫無疑問是一個重要的突破,這個突破顯示石正麗等人已經初步掌握了冠狀病毒突破物種障礙直接感染人體的“鑰匙”。

2015年11月9日,武漢病毒所石正麗團隊在英國《自然醫學》(Nature Medicine)雜志上發表論文,主要內容是:他們成功制造出一種能自我復制的嵌合病毒,使具有前述RsSHC014冠狀病毒“S蛋白”的野生小鼠SARS冠狀病毒能結合人類ACE2,從而具有了跨物種的強大傳染力。在實驗結果中,感染了這種“合成”病毒的小白鼠兩肺嚴重病變,無藥可醫。

論文所附圖像局部。e為感染SARS冠狀病毒(黑色)和新型嵌合病毒(綠色)的小鼠,隨感染時間體重減輕的曲線。f顯示了小鼠感染這兩種病毒2天和4天後,病毒在肺部的復制情況。g和h 分別顯示了小鼠從呼吸道感染SARS病毒和嵌合病毒後,肺部病變的影像。

令人驚心的是,在小白鼠身上的成功實驗僅僅只是石正麗的“牛刀小試”,他們接下來還准備在靈長類動物身上進行進一步的實驗。這個舉動無疑是危險的,因為這非常容易讓人聯想到,石正麗團隊是否在模擬如何使用這類嵌合病毒來感染人體。

石正麗關於冠狀病毒跨種感染研究的“三部曲”

石正麗這篇論文迅速引發了學術界的巨大爭議。法國巴斯德研究所的病毒學家西蒙‧韋恩‧霍布森(Simon Wain-Hobson)深切表達了這種擔憂,他告訴《自然》雜志:“如果(新)病毒逃逸了,誰也無法預測其途徑。”

羅格斯大學分子生物學家兼生物防御專家理乍得‧埃布賴特(Richard Ebright)對《自然》說:“該研究的唯一影響是在實驗室中創造了一種新的非自然風險。”

但石正麗的步伐顯然並未停止。2018年11月14日,石正麗應上海交通大學生命科學技術學院邀請,在該院樹華報告廳做了一次題為“蝙蝠冠狀病毒及其跨種感染研究”的主題演講。

在這次演講中,石正麗介紹了她帶領下的團隊如何使用“重組分析”發現人SARS病毒的最近祖先,可能是由雲南一個蝙蝠山洞中的三個病毒株(WIV1、Rs4231和Rs4081)重組而來的經過。

值得注意的是,出於不明原因,上海交大官方網站已經刪除了這篇報導。

(網頁截圖)

2020年1月23日,時值新冠肺炎急速爆發、武漢宣布封城之際,石正麗團隊在bioRxiv預印版平台上發表文章《一種新型冠狀病毒的發現及其可能的蝙蝠起源》,提出此次武漢新型冠狀病毒或來源於蝙蝠。該論文隨後於2月3日在《自然》雜志上刊登。

該文章提到,武漢新型冠狀病毒使用與SARS冠狀病毒相同的細胞進入受體(ACE2),也就是說,武漢新冠病毒使用和SARS相同的“鑰匙”來打開通向人體的大門。

文章還稱,他們發現新型冠狀病毒與源自雲南馬蹄蝠、編號為RaTG13的冠狀病毒的序列的一致性高達96.2%。

眾所周知,中國國家疾控中心上傳武漢病毒的全部基因組序列是在1月11日。武漢病毒所在短短12天時間內就從病毒庫諸多的冠狀病毒中,比對、鎖定與之相似度最高的病毒,並且還做出分離、上傳基因庫,甚至寫出了論文。

相比上次找到SARS病毒天然來源花費了足足十年時間,這次石正麗團隊的效率高得驚人。

一個不易為人注意的細節是,石正麗1月27日提交RaTG13蝙蝠病毒的登記信息顯示,該病毒早在2013年7月24日,就已從雲南馬蹄蝠(菊頭蝠)的糞便中被分離出來,其采集時間比石正麗2013年10月發表論文的時間還要早三個月,但石正麗的論文中並沒有提到這個特殊的病毒。

換言之,這個被視為很可能是引發這次瘟疫的元凶、極其重要的“新馬蹄蝠病毒RaTG13”在武漢P4實驗室被雪藏了七年時間。

病毒提交記錄顯示,“新馬蹄蝠病毒RaTG13”采集時間是2013年7月24日。(G-NEWS)

“新馬蹄蝠病毒”為何被雪藏七年?個中原因誰也不知道,但石正麗現在報告說自己“發現”了該病毒和武漢病毒的聯系,無疑是想證明,這個病毒就是武漢病毒的天然來源。

但一個難以解釋的現象是,病毒基因序列比對結果顯示,新馬蹄蝠病毒(RaTG13)與武漢病毒的包膜蛋白(E蛋白)和膜蛋白(M蛋白)基因片段ORF6,其氨基酸序列都達到100%相同,S蛋白則與武漢病毒達到97.7%相似。

黃色高亮區顯示,新馬蹄蝠病毒和武漢病毒整體同源性達到96.2%,E蛋白達到100%一致。(G-NEWS)

病毒學專家、前Walter Reed陸軍研究所病毒系實驗室主任肖恩‧林(Sean Lin)指出,這是繼舟山病毒之後,又一種冠狀病毒和武漢病毒出現E蛋白100%相似,這是極其不尋常的現象。

他認為,目前的研究結果也發現E蛋白的基因序列可以有很高的彈性空間,換言之,這個E蛋白的很多位點可以有基因變化,但是卻不會影響它協助病毒完成組裝過程。也就是說,並沒有超強的選擇壓力來迫使E蛋白維持整個蛋白基因序列的高保真度。

四、穿山甲之謎:突如其來的“中間宿主”

與上次SARS疫情不同,這次******疫情從爆發至今,當局一直聲稱蝙蝠很可能就是武漢新冠病毒的自然宿主,但即便國家級專家組對華南海鮮市場進行了全面調查後,當局仍然未能宣布是哪只野生動物引發了這場“國難”。中間宿主的缺失,也因此成為外界質疑病毒來源的一大疑點。

2月7日,遠離武漢達一千多公裡的廣州傳出消息,當地華南農業大學發布最新研究稱,穿山甲或為新型冠狀病毒的潛在中間宿主。

華南農業大學校長劉雅紅在發布會上透露,華南農業大學、嶺南現代農業科學與技術廣東省實驗室教授沈永義、肖立華等科研人員通過分析一千多份宏基因組樣品,在穿山甲身上發現一種β冠狀病毒與武漢新冠病毒或有密切聯系。

該團隊還在發布會上宣稱,通過進一步對該病毒進行分離鑒定,電鏡下觀察到典型的冠狀病毒顆粒結構;最後通過對病毒的基因組分析,發現分離的病毒株與目前感染人的武漢新冠病毒毒株序列的相似度高達99%。以上結果表明,穿山甲為新型冠狀病毒的潛在中間宿主。

這是繼石正麗團隊1月23日宣稱鎖定武漢新冠病毒自然宿主僅僅半個月後,又一個有關武漢新冠病毒高效曝出的重量級消息。

如此重大的新聞自然引發中國媒體迅速跟進。2月8日,《南方日報》獨家采訪了華南農業大學的有關專家,令外界了解到有關穿山甲冠狀病毒一些不尋常的實情。

華農獸醫學院研究院的沈永義在采訪中表示,發現攜帶病毒的穿山甲樣本並非來自廣東,也不是來自某個特定種群。這批穿山甲是他們“從某些特定機構獲取的”。

《南方日報》報導截圖

該團隊成員、華農獸醫學院教授馮耀宇在接受另一家大陸傳媒財新網的采訪時,直言不諱地表示,這批穿山甲實際是“應某些單位之邀”,為“判斷病因”而獲得的某些樣品,且樣品量“並不是特別大”。

財新網報導截圖

顯然,這批穿山甲是一批具有特殊性的樣本,因為沈永義坦承,他們自己收集的國內常見的中華穿山甲樣本中,並未發現這樣的病毒。至於“某特定機構”為何主動找上門提供給他們這些特殊的樣本,報導中沒有提及。

在談到“穿山甲冠狀病毒如何感染人”這個最關鍵問題的時候,馮耀宇回答說:“這批穿山甲是一個特殊的群體,是有病症的。能否傳染人,我們目前還不明確,需要相關部門的進一步研究驗證。”

財新網的報導中更引述第三方專家的話指出,華農團隊從穿山甲身上分離到的病毒基因序列中,還有大約4000個沒有測序、尚不明確的核苷酸(新冠病毒約有29410個核苷酸),仍需進一步分析。報導並說,要確定穿山甲為新冠潛在的中間宿主,專家認為“需要更多證據”。

既然證據不足,穿山甲冠狀病毒能否感染人的關鍵問題也不確定,甚至在蝙蝠如何感染了穿山甲的過程也不清楚的情況下,華農團隊為何要貿然宣布穿山甲就是中間宿主、就是無數專家正千方百計尋找的從蝙蝠到人之間的那座“橋梁”呢?

華農專家在接受《南方日報》采訪時承認,一般科學家會先發表學術論文,然後才宣布成果,這次論文還沒寫就先開新聞發布會宣布結果,是“為了響應號召”,並且“對我們而言壓力非常大”。

病毒專家董宇紅女士對此質疑:如果這幾只被認為是“中間宿主”的穿山甲並非來自廣東,它們是如何進入雲南蝙蝠山洞中,感染了三個病毒株,然後又如何歷盡跋涉將病毒帶回廣東,最後又穿越千山萬水回到湖北武漢引發疫情的呢?
 
花籃
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本呐比經略
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文章 時間: 2020-2-20 11:11 引用回復
偶越來越相信是武漢病毒所制造並管理不善而泄露了這個病毒。。。icon_rolleyes.gif
 
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四季豆
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文章 時間: 2020-2-20 11:13 引用回復
本呐比經略 寫道:
偶越來越相信是武漢病毒所制造並管理不善而泄露了這個病毒。。。icon_rolleyes.gif

俺也是這樣子的
 
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flyfish
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文章 時間: 2020-2-20 11:14 引用回復
最初的確診條件有三條1 到過海鮮市場 2 ct有問題 3核酸陽性
 
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HongMei
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文章 時間: 2020-2-20 11:18 引用回復
好像有關方面欲蓋彌彰啊 icon_redface.gif
 
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傾盆大雨
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文章 時間: 2020-2-20 11:26 引用回復
四季豆 寫道:
隨著新冠肺炎對全球的威脅與日俱增,越來越多的各國專家也對新冠病毒(2019-nCoV或SARS-CoV-2)的來源投下更多關注的目光。本文從流行病學調查、病毒基因比對、跨物種感染研究以及關鍵的“中間宿主”等領域,對新冠病毒來源進行了全景式梳理與深度挖掘,為讀者提供一個深刻而全新的視角。

一、華南海鮮市場:備受爭議的“疫源地”
二、病毒學證據:武漢新冠病毒2019-nCoV的基因異樣之處
三、石正麗:疑雲籠罩的冠狀病毒跨物種感染研究
四、穿山甲之謎:突如其來的“中間宿主”

自從武漢爆發新冠肺炎迄今,已經過去了兩個月,但科學界對這個神秘的新冠狀病毒“2019-nCoV”(也叫SARS-CoV-2,本文簡稱新冠病毒)的認識依然十分有限。此次疫情爆發的源頭是華南海鮮市場嗎?當局稱新冠病毒來自原始宿主蝙蝠,華南農業大學幾位學者甚至聲稱他們找到了中間宿主穿山甲。但科學界對病毒基因序列的研究以及大量科學文獻的比對查證,均顯示這個病毒的來源並非如此簡單。

一、華南海鮮市場:備受爭議的“疫源地”

這場來勢凶猛的大疫第一次闖入公眾視野,是網絡流傳的一份武漢市衛健委內部通知,這份通知明確寫道:“我市華南海鮮市場陸續出現不明原因肺炎病人”,並要求各醫療單位統計類似的不明原因肺炎病例上報衛健委醫政醫管處。
華南海鮮市場位於湖北武漢市江漢區,是一個包含了豬肉供應以及各種海鮮凍品、冰鮮、幹貨及調味品在內的大型綜合市場,也包括販賣一些野味。

當“不明肺炎”陡然出現在大眾面前的時候,“野味”這個詞無疑迅速成為最受關注的焦點。畢竟,十七年前的“薩斯”瘟疫大爆發,就一直被官方認定為是廣東人吃野味“果子狸”而惹出的大禍。

2019年12月31日,武漢市衛健委首次公開發布通報稱,近期部分醫療機構發現接診的多例肺炎病例與華南海鮮市場有關聯。2020年1月1日,華南海鮮市場貼出休市公告,隨後進行了徹底的環境衛生整治——知名香港薩斯專家管軼後來痛斥,這個舉措等於摧毀了“犯罪現場”。

此後,武漢方面多次強調,多數******病例有華南海鮮市場暴露史或接觸史。中國疾控中心病毒病所也分別於1月1日、12日兩次在該市場取樣共585份,並轉運至實驗室進行檢測。

1月22日,國家疾控中心主任高福在國務院新聞辦公室發布會上表示,武漢新型冠狀病毒的來源是武漢一個海鮮市場非法銷售的野生動物。

1月26日,中國疾控中心病毒病所稱,該所首次從華南海鮮市場的585份環境樣本中,檢測到33份樣品含有新型冠狀病毒核酸,並成功在陽性環境標本中分離病毒,提示該病毒來源於華南海鮮市場銷售的野生動物。

至此,華南海鮮市場是疫源地的說法成為官方定論。

然而,令人始料未及的是,僅僅一天之後,《科學》雜志於27日在線發表的一篇報導就對官方這一結論提出重大挑戰。

該報導引述了世界頂級醫學雜志《柳葉刀》的一篇論文,質疑武漢新型冠狀病毒肺炎的疫源地可能並非華南海鮮市場。

這篇論文題為“新型冠狀病毒感染患者的臨床特點”,1月24日在《柳葉刀》上發表。論文第一作者是武漢市首家不明肺炎指定收治醫院金銀潭醫院的副院長黃朝林,其余作者包括了該院其他臨床醫生以及多家研究機構的成員。

這篇論文透露出以下關鍵信息:

# 第一例病人發病時間是12月1日,與海鮮市場無關聯;
# 第一例病人與後續病人未發現流行病關聯;
# 12月10日,又有3例病例發病,其中2例與華南海鮮市場無關聯;
# 12月15日開始,有海鮮市場暴露史的病例集中出現;
# 論文統計總共41例病人,有14例證實與海鮮市場無關聯,比例超過1/3。
# 海鮮市場沒有人賣蝙蝠,也未發現蝙蝠的蹤跡。

《柳葉刀》論文對41例確診病例與海鮮市場的關系的分析

不僅如此,1月29日《柳葉刀》再發論文分析了金銀潭醫院99例確診病例,其中有50例無海鮮市場接觸史;而新英格蘭雜志也有論文顯示:22日前確診的全部425個病例中,1月1日前發病者有45%無海鮮市場接觸史。

而對比當局的通報可以看到,二者有明顯差異。當局通報的相應信息如下:

# 第一例病人發病時間是12月8日,與海鮮市場有關聯;
# 官方認定華南海鮮市場就是疫源地,未提首例病人無海鮮市場接觸史及上述1/3病例無海鮮市場暴露史的數據。
# 武漢病毒所石正麗等人於1月23日發表論文,指從雲南馬蹄蝠身上發現新冠狀病毒,與武漢新冠病毒同源性達96.2%,病毒源自蝙蝠就此成為大眾共識。

《柳葉刀》論文與當局通告內容對比圖

美國喬治敦大學(University of Georgetown)傳染病學家丹尼爾‧魯西(Daniel Lucey)針對《柳葉刀》的論文表示,如果該論文的數據是准確的,那麼第一個病例應該在2019年11月就已被病毒感染,因為在感染之後和與出現症狀之前有一個潛伏期。此前有專家表示,新型冠狀病毒的潛伏期在10~14天左右。

很明顯,這意味著在12月15日開始集中出現有華南海鮮市場暴露史的病例之前,病毒就已經在武漢的某些地方和某些人之間悄無聲息地傳播。魯西坦率地指出:“當局肯定已經意識到這種流行病並非源自武漢華南海鮮市場。”

《柳葉刀》論文的通訊作者之一、北京首都醫科大學教授曹彬回復美國科學新聞網站ScienceInsider時也表示:“目前比較明確的是,(華南)海鮮市場應該不是新型冠狀病毒2019-nCoV的唯一發源地。”;“但老實說,我們現在仍然不知道病毒究竟從哪裡來。”(”Now It seems clear that [the] seafood market is not the only origin of the virus”, he wrote in an e-mail to ScienceInsider, “But to be honest, we still do not know where the virus came from now.”)

值得注意的是,柳葉刀的兩篇論文和新英格蘭醫學雜志論文的作者都是中國的醫生和醫學專家。而與此相左的則是,專家組的做法顯示,他們似乎有意無意在忽視這一極其重要的信息。

國家衛健委第一個專家組早在2019年12月31日就已到達武漢。據財新網對武漢大學中南醫院重症醫學科主任彭志勇的采訪證實,這個專家組到武漢金銀潭醫院調查後即制定了一套診斷標准:要有華南海鮮市場接觸史;要有發燒症狀;全基因組測序。三條標准都達到才能確診,缺一不可。

第一批國家級專家組制定的確診三指標

彭志勇說,這個標准直到鍾南山等第二批專家組18日到達武漢後才修改。

這就產生出一個難以解釋的問題:第一批專家組對《柳葉刀》調查的這41例病例的詳細情況,應該是了解的。因為武漢衛健委官方通報中,從1月10日到1月17日,確診41例這個數字一直沒有發生任何變化。

為什麼專家組在明知至少1/3的病例與海鮮市場無關聯的情況下,要硬性規定確診標准中必須有“海鮮市場接觸史”這一條?

稍有傳染病醫學常識的人都知道,查清真正的傳染病源,是防控傳染病的三大關鍵之一。既然有非常明確的流行病學證據和最早參與調查疫情的同行專家的判斷都顯示華南海鮮市場並非病毒疫源地,為何專家組要強行“規定”要有海鮮市場接觸史?

二、病毒學證據:武漢新冠病毒2019-nCoV的基因異樣之處

【E蛋白】

1月10日是一個重要的日子,在這一天,中國正式向全世界公開了武漢新冠病毒2019-nCoV(以下簡稱武漢病毒)的全基因序列。全世界最頂尖的病毒學專家立即對這個神秘的病毒開展深入研究,並開始陸續發表各自對新冠病毒的研究報告。

在通過對武漢新冠病毒基因進行整體分析後,希臘一個專家團隊於2020年1月27日發布報告說,他們研究分析了武漢病毒的遺傳關系,發現“新型冠狀病毒的基因,大約五成與sarbecvirus亞屬中的其它病毒沒有密切的遺傳關系”,並且該病毒具有其它任何冠狀病毒都不具有的特殊中間區段,而這段基因恰好就是幫助病毒入侵宿主細胞的關鍵。

這些研究發現表明:武漢病毒是一種新型的冠狀病毒,且推翻了作者原來認為的新冠病毒起源於不同冠狀病毒之間的隨機自然突變的假設。換言之,作者認為武漢病毒並非靠自然演變而來。

希臘專家的發現並非孤例。早在1月7日,中國疾控中心研究院張永振院士和復旦大學公共衛生學院就聯名向《自然》雜志提交了論文[4],並於2月3日發表。該論文明確提出,武漢病毒與兩種舟山蝙蝠病毒樣本CoVZC45和CoVZXC21存在最為密切的親緣關系。其中,武漢病毒與CoVZC45病毒的核苷酸序列同一性為89.1%,甚至在nsp7和包膜蛋白(E蛋白)方面表現出100%的氨基酸相似性。

張永振等人向《自然》雜志提交的論文顯示,武漢新冠病毒和舟山蝙蝠CoVZC45病毒E蛋白相似度高達100%。(《自然》論文截圖)

很快,有專家利用美國國立衛生研究院(NIH)生物科技信息中心(NCBI)的比對工具BLAST,對當局12日第三次提交的基因組序列進行基因比對,證實了張永振的發現。

粉紅高亮區的信息顯示,武漢海鮮市場病毒樣本與編號為“AVP78033.1”的病毒樣本比對,其E蛋白相似度高達100%。(G-NEWS)

中國疾病中心專家陸柔劍的團隊也於1月30日在《柳葉刀》上發表論文指出,武漢新冠病毒和此前在中國浙江舟山蝙蝠身上發現的一種冠狀病毒整體相似度非常高,達88%。

舟山蝙蝠身上攜帶的這種冠狀病毒,其最早發現者是南京軍區軍事醫學研究所的專家。該所於2018年發表英文論文,宣布在舟山蝙蝠身上發現一種新型冠狀病毒——舟山蝙蝠類SARS冠狀病毒,為方便理解,本文簡稱其為“舟山病毒”

綠色高亮區顯示,編號為“AVP78033.1”的病毒即“舟山病毒”。(G-NEWS)

微生物學博士、美國前Walter Reed陸軍研究所病毒系實驗室主任肖恩‧林(Sean Lin)認為,武漢病毒和舟山病毒的E蛋白氨基酸序列達到100%一致,是一件極其不尋常的事情。因為E蛋白對於β型冠狀病毒的病毒形態、組裝、出芽以及病毒致病性都有不可或缺的作用。如果病毒更換了宿主,很多細胞因子都會變化, E蛋白也必然有相應的變化來調整病毒的合成和致病性。

他進一步指出:E蛋白的基因和S蛋白的基因位置鄰近,在病毒RNA的復制過程中,這兩個基因也都是要經過一個產生亞基因組RNA (subgenomic RNA)來完成復制的,也牽扯類似的細胞內因子和病毒RNA聚合酶,所以這個過程中產生基因復制的錯誤率也都是相近的。所以,沒有理由在自然的病毒復制過程中,S蛋白有著各種突變,而E蛋白在整個宿主都變換掉的情況下保持完全相似。這基本上是不可能自然發生的。

北京大學傳染病學博士、瑞士生物技術公司SunRegen Healthcare AG首席科學官董宇紅女士指出,根據陸柔劍在《柳葉刀》上發表的論文,冠狀病毒科內與武漢病毒最近的幾種冠狀病毒,在其它蛋白(S、M、N等)的氨基酸序列上都不可能達到像E蛋白這樣的100%完全一致,一致度為73.2%~98.6%。那麼,這個E蛋白為什麼在武漢病毒中與所謂“祖先”的蝙蝠病毒保持如此大的一致性,值得深入探究(Lu et al 2020 Lancet)。

她表示,與S、M或N蛋白相比,雖然E蛋白是武漢病毒主要的結構蛋白質中的最小的一個蛋白,可是它的功能並不能小看。武漢病毒在人體復制周期中,E蛋白在受感染的人體細胞內大量表達,大部分E蛋白被定位在人體細胞內轉運的關鍵位點,如內質網、高爾基器等,參與冠狀病毒的組裝和出芽。缺乏E蛋白的重組,冠狀病毒展示病毒滴度顯著降低,病毒成熟度降低或繁殖能力不強,表明E蛋白在與宿主細胞之間起到的重要相互作用,尤其是在病毒繁殖、成熟、傳播能力方面的重要性,也應該是決定病毒在人種中的傳播力的一個重要功能蛋白。

簡而言之,武漢病毒和舟山病毒表現出來有關E蛋白的這種完美一致性,用“自然變異”難以解釋。

【S蛋白】

更蹊蹺的是,武漢病毒身上的費解之謎,還不止這一個。

2020年1月21日,中國科學院上海巴斯德研究所分子病毒與免疫重點實驗室研究人員在《中國科學 生命科學》(SCIENCE CHINA Life Sciences)上發表的一篇論文提到一個重要現象:武漢病毒的S蛋白一個關鍵部分的序列,和薩斯病毒具有高度同源性。

S蛋白是什麼?就是已經廣為人們熟悉的冠狀病毒圖片中,病毒表面那些一個一個的“小蘑菇”。這個S蛋白(也稱刺突蛋白、棘突蛋白)是冠狀病毒能夠入侵人體細胞的最重要工具。

SARS病毒結構圖

巴斯德研究所的專家們發現,薩斯病毒的S蛋白中第442、472、479、487和491位的殘基位於受體復合物界面,並且被認為是薩斯病毒跨物種及人際傳播至關重要的位點。

令人驚訝的是,武漢病毒的S蛋白中有442、472、479和487位這4個位點的殘基與薩斯病毒不同,但這種差異卻並沒影響到S蛋白的結構構像。就是說,武漢病毒的S蛋白依然保持著和薩斯病毒S蛋白一樣的結構,依然可以像薩斯那樣,在RBD結構域中共享幾乎相同的3-D結構,並借此與人體細胞中的ACE2受體結合從而輕松入侵人體。

這是可以用精准來描述的基因變異,就像一把鑰匙上有5個卡齒,其中4個齒的材質發生了改變,但鑰匙的整體形狀卻完美保持,鑰匙依然可以打開通往人體的閥門。

新冠病毒S蛋白4個位點殘基的異常現象示意圖

美國哈佛大學資深流行病專家費格丁(Eric Feigl-Ding)博士也注意到這個異常現象,他於1月28日在推特上發文,引述希臘學者研究的最新發現指出:該病毒不是由冠狀病毒經過近期隨機結合而產生的,有些部分與所有冠狀病毒都“不協調”。其基因組的序列中段是以往冠狀病毒中從未見過的,可“編碼”侵入宿主細胞的刺突蛋白(S蛋白)。

【分子進化鍾&最近共同祖先】

分子進化鍾是一種通過基因突變速率來估算物種進化速率的技術,遠的可以追溯長達千百萬年的進化,短的可以追尋當前傳染病病原體的來源。

中國疾控中心病毒預防所的陸柔劍(Roujian Lu)2020年1月30日在《柳葉刀》期刊上發表論文,發現這次新冠肺炎來自不同患者的2019-nCoV序列幾乎相同,序列同源性(sequence identity)超過99.9%。這一發現表明,2019-nCoV是在很短時間內自一個起源地產生,而且相對較快地被檢測到。

世界著名的斯克裡普斯研究所(The Scripps Research Institute)的分子生物學家克裡斯蒂安‧安德森(Kristian Andersen)也發表題為 “基於27個基因分析的生物鍾和最近共同祖先時間”的文章,分析了中國公開發表的27個武漢病毒完整基因,發現來自武漢、泰國、深圳等地的24個樣本的基因組非常一致,“顯示出非常有限的遺傳變異”,“表明所有這些病毒株都具有相對較新的共同祖先。”

安德森認為,病毒是單一來源進入人類,然後是持續地人傳人。這可以是單個動物或一小群最近被感染的動物感染給單一個人或一小群人。所有分析的案例都是人傳人,沒有動物傳人的。

他根據分子進化鍾算出來最先從人開始廣傳的時間,中間值是12月2日,最早可以是10月1日,這與後來中共官方公布第一個就診病例的12月1日相當吻合。雖然這兩篇論文都沒有猜測病毒的起源,但顯然排除了多個動物來源的可能性。

三、石正麗:疑雲籠罩的冠狀病毒跨物種感染研究

一個顯著的事實是,蝙蝠攜帶的冠狀病毒無法直接感染人體,更不是可以擁有人傳人能力的病毒。但隨著輿論對武漢病毒“被人工幹預”的質疑聲越來越大,武漢病毒所及該所的知名病毒專家石正麗開始步入大眾視野。

2003年薩斯疫情爆發後,石正麗曾帶領團隊在全國各地采集蝙蝠樣本做病毒檢測,並於2013年將成果發表於《自然》雜志上。2017年,石正麗團隊確定SARS病毒是經過幾個蝙蝠SARS樣冠狀病毒重組而來,一度引發普遍關注。

由於長期從事對蝙蝠及SARS病毒的研究,石正麗無疑已經成為冠狀病毒研究領域的權威,而且其本人更專注於冠狀病毒跨物種感染領域。

耐人尋味的是,石正麗對冠狀病毒S蛋白——這個跨物種感染人體的“通行證”——的研究,早在2010年就已經開始。石正麗團隊對尋找冠狀病毒如何跨越物種障礙發生傳播,進行了長期、系統且深入的研究。

2010年,石正麗團隊發表論文,用活SARS病毒和HIV(艾滋)偽病毒檢查不同種類蝙蝠ACE2對人類SARS-CoV刺突蛋白(S蛋白)的敏感性。實驗中他們還改變蝙蝠ACE2的幾個關鍵氨基酸,來測試其對S蛋白的結合性,並構建帶有SARS病毒BJ01-S蛋白的HIV偽病毒HIV/BJ01-S。這顯示石正麗團隊已經意識到S蛋白與ACE2受體之間的特殊關系。

冠狀病毒通過S蛋白感染人體細胞示意圖

2013年10月30日,石正麗團隊發布了冠狀病毒研究的“新突破”。《自然》雜志刊發其題為“使用ACE2受體的蝙蝠SARS樣冠狀病毒的分離和鑒定”論文,包括葛行義、石正麗、達薩克等專家在內的研究團隊,發布了從雲南菊頭蝠(馬蹄蝠)身上分離出的新型冠狀病毒RsSHC014和Rs3367的全基因組序列。石正麗負責提供了SHC014冠狀病毒S蛋白序列以及質粒,這是她一直以來最擅長的領域。

在這次的研究成果中,石正麗團隊還從蝙蝠糞便樣本中分離出了第三種新型蝙蝠冠狀病毒的活體——SARS樣冠狀病毒WIV1,其與Rs3367病毒的序列同源性為99.9%。該病毒的S蛋白可以通過受體結合點(RBD)結合人類受體ACE2,並有效地將SARS病毒直接傳染給人,不需要果子狸等中間宿主。

這毫無疑問是一個重要的突破,這個突破顯示石正麗等人已經初步掌握了冠狀病毒突破物種障礙直接感染人體的“鑰匙”。

2015年11月9日,武漢病毒所石正麗團隊在英國《自然醫學》(Nature Medicine)雜志上發表論文,主要內容是:他們成功制造出一種能自我復制的嵌合病毒,使具有前述RsSHC014冠狀病毒“S蛋白”的野生小鼠SARS冠狀病毒能結合人類ACE2,從而具有了跨物種的強大傳染力。在實驗結果中,感染了這種“合成”病毒的小白鼠兩肺嚴重病變,無藥可醫。

論文所附圖像局部。e為感染SARS冠狀病毒(黑色)和新型嵌合病毒(綠色)的小鼠,隨感染時間體重減輕的曲線。f顯示了小鼠感染這兩種病毒2天和4天後,病毒在肺部的復制情況。g和h 分別顯示了小鼠從呼吸道感染SARS病毒和嵌合病毒後,肺部病變的影像。

令人驚心的是,在小白鼠身上的成功實驗僅僅只是石正麗的“牛刀小試”,他們接下來還准備在靈長類動物身上進行進一步的實驗。這個舉動無疑是危險的,因為這非常容易讓人聯想到,石正麗團隊是否在模擬如何使用這類嵌合病毒來感染人體。

石正麗關於冠狀病毒跨種感染研究的“三部曲”

石正麗這篇論文迅速引發了學術界的巨大爭議。法國巴斯德研究所的病毒學家西蒙‧韋恩‧霍布森(Simon Wain-Hobson)深切表達了這種擔憂,他告訴《自然》雜志:“如果(新)病毒逃逸了,誰也無法預測其途徑。”

羅格斯大學分子生物學家兼生物防御專家理乍得‧埃布賴特(Richard Ebright)對《自然》說:“該研究的唯一影響是在實驗室中創造了一種新的非自然風險。”

但石正麗的步伐顯然並未停止。2018年11月14日,石正麗應上海交通大學生命科學技術學院邀請,在該院樹華報告廳做了一次題為“蝙蝠冠狀病毒及其跨種感染研究”的主題演講。

在這次演講中,石正麗介紹了她帶領下的團隊如何使用“重組分析”發現人SARS病毒的最近祖先,可能是由雲南一個蝙蝠山洞中的三個病毒株(WIV1、Rs4231和Rs4081)重組而來的經過。

值得注意的是,出於不明原因,上海交大官方網站已經刪除了這篇報導。

(網頁截圖)

2020年1月23日,時值新冠肺炎急速爆發、武漢宣布封城之際,石正麗團隊在bioRxiv預印版平台上發表文章《一種新型冠狀病毒的發現及其可能的蝙蝠起源》,提出此次武漢新型冠狀病毒或來源於蝙蝠。該論文隨後於2月3日在《自然》雜志上刊登。

該文章提到,武漢新型冠狀病毒使用與SARS冠狀病毒相同的細胞進入受體(ACE2),也就是說,武漢新冠病毒使用和SARS相同的“鑰匙”來打開通向人體的大門。

文章還稱,他們發現新型冠狀病毒與源自雲南馬蹄蝠、編號為RaTG13的冠狀病毒的序列的一致性高達96.2%。

眾所周知,中國國家疾控中心上傳武漢病毒的全部基因組序列是在1月11日。武漢病毒所在短短12天時間內就從病毒庫諸多的冠狀病毒中,比對、鎖定與之相似度最高的病毒,並且還做出分離、上傳基因庫,甚至寫出了論文。

相比上次找到SARS病毒天然來源花費了足足十年時間,這次石正麗團隊的效率高得驚人。

一個不易為人注意的細節是,石正麗1月27日提交RaTG13蝙蝠病毒的登記信息顯示,該病毒早在2013年7月24日,就已從雲南馬蹄蝠(菊頭蝠)的糞便中被分離出來,其采集時間比石正麗2013年10月發表論文的時間還要早三個月,但石正麗的論文中並沒有提到這個特殊的病毒。

換言之,這個被視為很可能是引發這次瘟疫的元凶、極其重要的“新馬蹄蝠病毒RaTG13”在武漢P4實驗室被雪藏了七年時間。

病毒提交記錄顯示,“新馬蹄蝠病毒RaTG13”采集時間是2013年7月24日。(G-NEWS)

“新馬蹄蝠病毒”為何被雪藏七年?個中原因誰也不知道,但石正麗現在報告說自己“發現”了該病毒和武漢病毒的聯系,無疑是想證明,這個病毒就是武漢病毒的天然來源。

但一個難以解釋的現象是,病毒基因序列比對結果顯示,新馬蹄蝠病毒(RaTG13)與武漢病毒的包膜蛋白(E蛋白)和膜蛋白(M蛋白)基因片段ORF6,其氨基酸序列都達到100%相同,S蛋白則與武漢病毒達到97.7%相似。

黃色高亮區顯示,新馬蹄蝠病毒和武漢病毒整體同源性達到96.2%,E蛋白達到100%一致。(G-NEWS)

病毒學專家、前Walter Reed陸軍研究所病毒系實驗室主任肖恩‧林(Sean Lin)指出,這是繼舟山病毒之後,又一種冠狀病毒和武漢病毒出現E蛋白100%相似,這是極其不尋常的現象。

他認為,目前的研究結果也發現E蛋白的基因序列可以有很高的彈性空間,換言之,這個E蛋白的很多位點可以有基因變化,但是卻不會影響它協助病毒完成組裝過程。也就是說,並沒有超強的選擇壓力來迫使E蛋白維持整個蛋白基因序列的高保真度。

四、穿山甲之謎:突如其來的“中間宿主”

與上次SARS疫情不同,這次******疫情從爆發至今,當局一直聲稱蝙蝠很可能就是武漢新冠病毒的自然宿主,但即便國家級專家組對華南海鮮市場進行了全面調查後,當局仍然未能宣布是哪只野生動物引發了這場“國難”。中間宿主的缺失,也因此成為外界質疑病毒來源的一大疑點。

2月7日,遠離武漢達一千多公裡的廣州傳出消息,當地華南農業大學發布最新研究稱,穿山甲或為新型冠狀病毒的潛在中間宿主。

華南農業大學校長劉雅紅在發布會上透露,華南農業大學、嶺南現代農業科學與技術廣東省實驗室教授沈永義、肖立華等科研人員通過分析一千多份宏基因組樣品,在穿山甲身上發現一種β冠狀病毒與武漢新冠病毒或有密切聯系。

該團隊還在發布會上宣稱,通過進一步對該病毒進行分離鑒定,電鏡下觀察到典型的冠狀病毒顆粒結構;最後通過對病毒的基因組分析,發現分離的病毒株與目前感染人的武漢新冠病毒毒株序列的相似度高達99%。以上結果表明,穿山甲為新型冠狀病毒的潛在中間宿主。

這是繼石正麗團隊1月23日宣稱鎖定武漢新冠病毒自然宿主僅僅半個月後,又一個有關武漢新冠病毒高效曝出的重量級消息。

如此重大的新聞自然引發中國媒體迅速跟進。2月8日,《南方日報》獨家采訪了華南農業大學的有關專家,令外界了解到有關穿山甲冠狀病毒一些不尋常的實情。

華農獸醫學院研究院的沈永義在采訪中表示,發現攜帶病毒的穿山甲樣本並非來自廣東,也不是來自某個特定種群。這批穿山甲是他們“從某些特定機構獲取的”。

《南方日報》報導截圖

該團隊成員、華農獸醫學院教授馮耀宇在接受另一家大陸傳媒財新網的采訪時,直言不諱地表示,這批穿山甲實際是“應某些單位之邀”,為“判斷病因”而獲得的某些樣品,且樣品量“並不是特別大”。

財新網報導截圖

顯然,這批穿山甲是一批具有特殊性的樣本,因為沈永義坦承,他們自己收集的國內常見的中華穿山甲樣本中,並未發現這樣的病毒。至於“某特定機構”為何主動找上門提供給他們這些特殊的樣本,報導中沒有提及。

在談到“穿山甲冠狀病毒如何感染人”這個最關鍵問題的時候,馮耀宇回答說:“這批穿山甲是一個特殊的群體,是有病症的。能否傳染人,我們目前還不明確,需要相關部門的進一步研究驗證。”

財新網的報導中更引述第三方專家的話指出,華農團隊從穿山甲身上分離到的病毒基因序列中,還有大約4000個沒有測序、尚不明確的核苷酸(新冠病毒約有29410個核苷酸),仍需進一步分析。報導並說,要確定穿山甲為新冠潛在的中間宿主,專家認為“需要更多證據”。

既然證據不足,穿山甲冠狀病毒能否感染人的關鍵問題也不確定,甚至在蝙蝠如何感染了穿山甲的過程也不清楚的情況下,華農團隊為何要貿然宣布穿山甲就是中間宿主、就是無數專家正千方百計尋找的從蝙蝠到人之間的那座“橋梁”呢?

華農專家在接受《南方日報》采訪時承認,一般科學家會先發表學術論文,然後才宣布成果,這次論文還沒寫就先開新聞發布會宣布結果,是“為了響應號召”,並且“對我們而言壓力非常大”。

病毒專家董宇紅女士對此質疑:如果這幾只被認為是“中間宿主”的穿山甲並非來自廣東,它們是如何進入雲南蝙蝠山洞中,感染了三個病毒株,然後又如何歷盡跋涉將病毒帶回廣東,最後又穿越千山萬水回到湖北武漢引發疫情的呢?


太長,以後學習。
 
花籃
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四季豆
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文章 時間: 2020-2-20 11:28 引用回復
HongMei 寫道:
好像有關方面欲蓋彌彰啊 icon_redface.gif

從文章裡說的看起來是
 
花籃
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HongMei
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文章 時間: 2020-2-20 11:30 引用回復
四季豆 寫道:
從文章裡說的看起來是

這個事情會引起國際社會的反彈 影響統治階級的合法正當性 看來正在毀滅證據 不讓世衛專家去武漢啊
 
(1)
花籃
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auitest1
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文章 時間: 2020-2-20 11:33 引用回復
本呐比經略 寫道:
偶越來越相信是武漢病毒所制造並管理不善而泄露了這個病毒。。。icon_rolleyes.gif


也有説法黨內派系權斗故意釋放的。要給習難堪從而阻止他的三連任。
 
花籃
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上一次由auitest1於2020-2-20 11:34修改,總共修改了1次
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