北京的私立辅仁大学是第一所被政府接办的教会大学。1948年底,黎培理指示辅仁大学校务长芮歌尼(Harold W. Rigney,美国教士),教会应与中共达成协议,使该校留在北平赍续开办,1948年12月初圣言会也作出同样决定。北平和平解放後不久,2月16日辅仁大学成立中国教员会,教员会18位教员向芮歌尼提出八项主张,包括学校教育须符合新民主主义教育精神、宗教与教育须分开、学校经费管理使用权及行政权须全交给中国人等等。这些要求已超出当时中共「不多加干涉」政策。2月26日外籍教士辞去除校务长(芮歌尼)外几乎全部重要行政职务,改由中国人担任。3月3日,17位中国教员组成的临时校政会议成立,取代学校行政会议成为校务决策最高机构。4月28日,华北高等教育委员会副主任周扬接见该校校长陈垣等人。6月13日,周扬在接见芮歌尼时表示,政府对学校的政策是「只要它遵守人民政府一切法令,不违背新民主主义教育方针,均可允许其存在」,教会补助该校经费应公开,课程设置上政府「不干涉别人信教与传教,共产党与人民政府允许信教自由,允许在课外传教」,「宗教学说作为学术研究当作选课是可以开的,但必须保证学生真正自愿选修,不得加以任何勉犟」,辩证唯物论与历史唯物论是「社会科学中最基本的」,应列为必修课。在政府推行的学校教育改革中,1949年6月29日辅仁大学调整课程,在此前取消四门宗教课的基础上,全校增设《新民主主义论》、《辩证唯物论与历史唯物论》、《社会发展史》三门必修课,各系也增设此类课程。1950年,芮歌尼多次向校长陈垣要求天主教会对该校人事任免有最终否决权,并提出解聘五位教授(社会学系魏某、杨某,数学系刘某,生物系王某,哲学系李某)等要求。要求被拒後,教会拖欠1950年该校经费。芮歌尼发表《告本校同仁同学书》宣佈教会不再承担该校经费,并鼓动该校工友向校方索薪。为维持该校运转,教育部为该校垫支8月、9月经费。9月30日,芮歌尼正式答覆,教会完全停止该校经费。由於会增加财政负担,并影响对中国天主教徒、基督教徒的争取和团结,政府方面并不情愿接办该校。1950年10月6日,周恩来在主持政务院第53次会议讨论教育部长马叙伦《关於处理北京私立辅仁大学问题的报告》时仍表示,虽政府接办了辅仁大学,但其他教会学校仍可赍续自办。1950年10月12日,教育部宣佈接办私立辅仁大学,该校由此成为中华人民共和国成立後政府正式接办的第一所教会大学。1950年12月30日,《人民日报》发表社论,批判帝国主义企图利用终止办学经费赍续控制、干涉中国教育。[6][1]